همانند ساختار یا اسکلت هر دستگاه دیگر، باید اسکلت سیستم RO آنقدر قوی بوده که تحمل واحد RO را داشته و امکان نقل و انتقال آن باشد. باید این اسکلت به اندازه کافی مستحکم باشد تا تنظیم محوری موتور و پمپ های فشار بالا به هم نخورد و اتصالات ورودی و خروجی به سیستم محافظت گردد.
معمول ترین ماده مورد استفاده در ساخت اسکلت کربن استیل (رنگ خورده) می باشد. البته در نواحی با نرخ خوردگی بالا نظیر محل های شیرین سازی آب دریا از اسکلت فایبر گلاس و در صنایع غذایی و دارویی غالبا اسکلت از جنس فولاد ضد زنگ استفاده می شود.
با توجه به وزن و ساختار فیزیکی اسکلت باید آن را به نحو مطلوبی نصب نمود تا اجزا آن تغییر شکل نداده و تعادل کامل آن در حین بهره برداری برقرار باشد. همجنین باید در ساخت و نصب اسکلت فلزی دقت کافی مبذول گردد، تا نواحی مرده ( که امکان جمع آب و نخاله در آن است ) بوجود نیاید. زیرا چنین مناطقی محل های مناسبی برای آغاز خوردگی در اسکلت می باشند.
معمولا پانل های برقی و ابزار دقیق روی اسکلت اصلی نصب می شوند. حال اگر پمپ های فشار بالای سیستم هم روی همین اسکلت قرار دارند، باید دقت کافی صرف جلوگیری از اثر ارتعاش این پمپ ها روی کالیبراسیون تجهیزات ابزار دقیق گردد. باید در صورت نیاز از گیرنده لرزش استفاده کرد. در صورت ایجاد و تشدید این لرزش نشتی های زیادی از محل های اتصالات هم مشاهده خواهد شد. در نواحی زلزله خیز باید در طراحی کدهای ویژه ای از تجهیزات را به کار گرفت تا از سقوط یا جابجایی تجهیزات سیستم در حین زمین لرزه جلوگیری به عمل آید.
معمولا با توجه به محدودیت های فضایی حداکثر طول و ارتفاع سیستم های RO به "72 محدود می شود. اگر اینگونه محدودیتی وجود نداشته باشد، امکان ساخت سیستم هایی تا طول و ارتفاع "92 ( حدود 7.7 فوت ) هم وجود دارد.
اسکلت های از جنس کربن استیل نیاز به اعمال روش هایی برای جلوگیری از خوردگی و حفظ زیبایی ظاهری سیستم دارد. برای این منظور انجام سند بلاست، شستشوی شیمیایی، ایجاد لایه ضد زنگ و رنگ کاری مراحل ضروری است. برای رنگ از رنگ های اپوکسی، رنگ های لعاب مانند و پوشش با پودر استفاده می شود.