با وجود کارایی بالای سیستم های پیش تصفیه، غشاها به پاکسازی دوره ای نیاز دارند. چنانچه روش های مناسب بهره برداری، پاکسازی متناوب و سایر مراحل فرایند دنبال شوند، اغلب رسوبات می توانند حذف شوند و میزان کارایی غشا به حالت اول برگردد.
تمام واحدهای غشایی دارای یک میزان مجاز گرفتگی و یا ضریب گرفتگی می باشند، به طوری که با مقادیر سطح غشا متناسب بوده و سیستم تا مدت یک تا دو سال بهره برداری، کارایی مورد نیاز را داراست. حتی اگر محاسبات طرح پیش بینی نماید که مقادیر نمک ها از حد مجاز قابلیت انحلال تجاوز نخواهد کرد، احتمال ایجاد سطوح با غلظت های کمی بالاتر به صورت موضعی و امکان گسترش مقادیر رسوب نیز وجود دارد.
انتخاب پاک کننده شیمیایی مناسب یا ترکیبات شیمیایی، به ماهیت رسوب بستگی دارد. اسیدهای رقیق اکثر اوقات برای حذف رسوبات معدنی و محلول های قلیایی اغلب برای جلبک ها و سایر مواد آلی ( ارگانیک ) به کار می روند و این در حالی است که مواد فعال موجود در سطح در حذف رسوبات رس و سیلت موثرند. معمولا پاکسازی های به روش های مختلف هر کدام به منظور حذف نوع به خصوصی از رسوبات و جرم گرفتگی ها انجام می گیرد.
اغلب سیستم های RO به سیستم های پاکسازی درجا ( CIP ) مجهز می باشند که در طراحی سیستم گنجانده شده است. در این سیستم ها این امکان وجود دارد که غشاها به صورت منفرد و یا بلوک هایی متشکل از چند غشا، پاکسازی و تمیز شوند و با محلول پاک کننده مناسب شستشو داده شوند.
در موارد شدید جرم گرفتگی و رسوب، می توان غشاها را برای پیمانکاران متخصص غشا فرستاد. در موارد شدت جرم گرفتگی، به جایگزینی غشا نیاز است. اجتناب از رسوب و جرم گرفتگی به عنوان راهی برای بهبود میزان کارایی و بهره وری اقتصادی بسیار با اهمیت است.
خوردگی ترکیبات فلزی می تواند یکی از مسائل بهره برداری مهم در سیستم های RO باشد که به خصوص در واحد آب شیرین کن دریا دیده می شود.
استفاده از مواد غیرفلزی، مثل مواد پلیمری همواره بایستی در موارد امکان پذیر، مورد نظر باشند. برای مثال لوله های تحت فشار غشا، معمولا از پلاستیک فایبرگلاس تقویت شده ( FRP ) و لوله های کم فشار از مواد PVC یا PVDF ساخته شده اند.
به علت مقاومت ( استحکام ) مکانیکی مورد نیاز سیستم، معمولا فلزات ضد زنگ در لوله های پر فشار، شیرآلات، پمپ ها و ابزار بازیافت انرژی به کار می روند. انواع مختلفی از فلزات ضد زنگ و آلیاژ های ویژه موجود است که بسته به نیازهای بهره برداری و بودجه موجود، انتخاب می گردد.