تغییر فاز ( مایع به بخار یا بخار به مایع ) در تمامی فرایندهای تقطیر اتفاق می افتد. در فرایندهای چند مرحله ای تغییر فاز در دو طرف سطح انتقال گرما اتفاق می افتد. در فرایند MSF، در خارج از لوله ها، عمل میعان انجام می شود، در صورتی که داخل لوله ها هیچ یک از دو عمل میعان و یا جوشیدن اتفاق نمی افتد و تنها آب دریا تا حدی که به گرمای محسوس برسد، گرم می شود.
انتقال گرما با کارایی بسیار بالا، هنگام تغییر فاز، سطح مورد نیاز آن کم است. در نتیجه ضریب انتقال گرما در سیستم های چند مرحله ای 10% تا 20% بیشتر از سیستم های MSF است. با این وجود سیستم های MSF معمولا به سطح کمتری برای انتقال حرارت نیاز دارند.
با توجه به مطالب فوق، می توان دریافت که اختلاف دما بین دمای اوج آب شور (TBT) و دمای آب پیرامون به طور محسوسی بر میزان انتقال حرارت و سطح مورد نیاز تاثیر می گذارد.
مقادیر TBT در سیستم های چند مرحله ای از 62 تا 75 درجه سانتیگراد تغییر می کند. در این دمای نسبتا پایین، سیستم ها به طور قطع از مسایلی چون رسوب و خوردگی در امان خواهند بود و این مشابه حالتی است که سیستم های MSF در دماهای 105 تا 115 درجه سانتیگراد کار کنند. در نتیجه عملکرد سیستم های چند مرحله ای در دماهای پایین، برای دستیابی به ظرفیت سیستم های مشابه به سطح انتقال گرمای بیشتری نیاز دارند.
در سیستم های MSF و چند مرحله ای، سرعت انتقال گرما در هر یک از مراحل باید به طور جداگانه ارایه شود. برای اطمینان از اینکه هر یک از قسمت ها درست کار می کند معمولا از روش سعی و خطا استفاده می شود.