شکل گیری رسوب یا رسوب گذاری به عنوان معمول ترین مساله بهره برداری در سیستم تقطیری مطرح است. هنگامی که آب خالص از آب شور ( دریا ) بخار می شود، میزان نمک های با قابلیت انحلال ناچیز افزایش می یابند که در نتیجه آن به صورت رسوب سخت بر سطوح انتقال حرارت ته نشین می شوند. حضور رسوبات به کاهش اجتناب ناپذیر میزان راندمان و سطح کارایی سیستم منجر می گردد.
تغییرات گسترده ای در قابلیت انحلال نمک های موجود در آب شور ( دریا ) وجود دارد. بعضی از نمک ها قابلیت انحلال بالایی دارند و طی فرایند شیرین سازی آب، به ندرت به حداکثر میزان حلالیت خود می رسند و در نتیجه عمل رسوب اتفاق نمی افتد. بعضی دیگر از نمک ها قابلیت انحلال کمتری دارند و با توجه به ضریب تغلیظ سازی آنها در طی مراحل تغلیظ سازی و دماهای بالا در واحدهای تقطیری، به رسوب گذاری تمایل دارند. کربنات کلسیم ( CaCO3 )، هیدروکسید منیزیم ( MgOH ) و سولفات کلسیم ( CaSO4 ) سه مورد از نمک های با قابلیت انحلال کم می باشند که در طراحی یک سیستم باید مورد توجه قرار گیرند.
تمام واحدهای تقطیری با توجه به قابلیت تشکیل رسوب در آنها باید به گونه ای طراحی شوند که دارای سطح انتقال حرارت اضافی در سیستم باشند، تا واحد تقطیر پس از یک دوره زمانی کارکرد، ( برای مثال یک یا دو سال ) و تشکیل رسوب، همچنان در سطح قابل قبول بهره برداری باشند. حتی اگر محاسبات طرح نشان دهد که مقادیر قابلیت انحلال از حد مجاز تجاوز نمی کند؛ اما باز هم در سطوحی که دارای مقادیر غلظت کمی بیشتر یا دمای کمی بالاتر می باشند، خطر احتمال رسوب گذاری وجود دارد. با ته نشین شدن رسوب در این سطوح، هسته ای برای شکل گیری بیشتر رسوب تشکیل می گردد.
کنترل تشکیل رسوب در سیستم ها اغلب به وسیله کارکرد سیستم با مقادیر بازیافت کمتر برای دستیابی به میزان غلظت کمتر نمک ها در پساب شور، با استفاده از به کارگیری روش های مکانیکی کنترل و حذف رسوب و یا با افزودن مواد شیمیایی بازدارنده، صورت می گیرد.
حذف رسوبات سخت به صورت دستی و پس از خاموش کردن سیستم امکان پذیر است. حذف رسوبات از سطوح با اسپری کردن آب با فشار زیاد، شستشو با برس های مخصوص، عبور فنر از لوله ها، وارد کردن تراشه یا سنگریزه به درون لوله ها، یا توسط مته صورت می گیرد. این روش ها به نیروی کارگر و زمان زیادی نیاز دارد و همچنین ممکن است در موارد شدید موثر نباشد.
در سیستم های MED، گسترش رسوب در سطح خارجی لوله ها صورت می گیرد. اگر تشکیل رسوب افزایش یابد، حذف آنها بسیار مشکل می شود. در مواردی دیده شده که بعضی از لوله ها در اثر رسوب گذاری تعویض شده اند.
در واحدهای MSF، به منظور جلوگیری از ته نشین شدن رسوبات نرم، از گوی های اسفنجی سیستم CIP استفاده می شود. با توجه به ته نشینی رسوبات در دیواره داخلی لوله ها، این گوی های اسفنجی به منظور پاکسازی، از داخل لوله ها عبور داده می شوند. قطر این توپ ها 2 تا 3 میلیمتر از قطر لوله ها بزرگتر می باشند و می توانند با فشار ناشی از سرعت جریان پساب شور به درون لوله ها وارد شوند. تزریق کننده ها و یا مکنده های به خصوصی برای اطمینان از باقی ماندن گلوله ها در لوله ها وجود دارد. اجزای دیگری نیز برای کنترل سایش گلوله ها وجود دارد که گوی هایی که ساییده شده و دارای قطر کوچک تری می باشند را خارج می سازند.