جابجایی المان های RO از محل اصلیشان منشا بروز مشکلات عدیده می شود. گاهی اوقات روزها وقت صرف می شود تا علت کاهش دفع نمک در المان های انتهایی مرحله اول یک سیستم RO مشخص شود و نهایتا تکنسین متوجه جابجایی المنت در طول یک مدول می گردد.
معمولا از سوی طراحان پیشنهاد نصب المنت های RO برطبق شماره سریال المنت می گردد تا اگر در زمان بهره برداری به هر دلیلی المنتی بیرون آورده شد، مجددا در محل قبلی خود نصب شود و چنانچه نیاز به تعویض یک یا چند المنت پیش بیاید شماره سریال و محل نصب المنت های جدید معین باشد.
گاهی اوقات با توجه به شرایط نیاز به تعویض یک مجموعه المنت از سیستم RO می باشد. به عنوان مثال در یک سیستم RO دو مرحله ای به دلیل تشکیل رسوب بیش از حد روی المنت های مرحله دوم و عدم امکان تمیزکاری آن یا عدم کارایی آنها بعد از شستشوی شیمیایی نیازبه تعویض همه المنت های مرحله دوم پیش می آید. حال باید ابتدا یک جابجایی انجام داد بدین معنی که المنت های موجود مرحله اول را روی مدول های مرحله دوم نصب نمود و المنت های جدید را در مدول های مرحله اول نصب کرد. زیرا اگر عکس این کار انجام شود، یعنی المنت های جدید دقیقا جای المنت های مرحله دوم نصب شوند ( ذرات رسوب باقی مانده در مرحله دوم یا ذرات معلقی که همراه جریان دفعی مرحله اول همراه آب خوراک مرحله دوم وارد این مرحله شوند ) خود به عنوان هسته های اولیه در ترسیب عمل می کنند. در نتیجه روی المنت های جدید نصب شده در مرحله دوم سریعا رسوب تشکیل خواهد شد. بهترین حالت نصب المنت های جدید در اولین مرحله سیستم های چند مرحله ای می باشد.
همچنین حفظ موازنه هیدرولیکی بین جریان ها ضروری می باشد. زیرا اگر همه المنت های جدید روی یک مدول یا دو مدول موازی از مرحله اول نصب شوند، نرخ جریان عبوری از این دو مدول بیشتر از سایر مدول های آن مرحله ( که قبلا برای مدتی در سرویس بوده اند ) خواهد بود و در نتیجه به خاطر کم شدن جریان عبوری از مدول های قبلی و کاهش تلاطم جریان در آنها احتمال تشکیل رسوب روی آنها افزایش می یابد. همچنین این کار می تواند به عدم موازنه هیدرولیکی جریان خوراک سیستم بینجامد.
بنابراین پیشنهاد نصب مساوی المنت های جدید بین مدول های مرحله اول و تقسیم درست آنها می شود. همچنین باید این المنت ها با المنت های اولیه مدول های مرحله اول سیستم RO تعویض شوند. در مورد المنت های قبلی نیز المنت های انتهایی مدول بیشتر از المنت های ابتدایی در معرض ترسیب بوده اند. لذا باید جای آنها هم تعویض شود.
در غیاب فلزاتی نظیر آهن و منیزیم، وجود مقدار بیش از حد مواد اکسید کننده نظیر کلر آزاد تمایل به واکنش در سراسر غشا CA و PA دارد. میزان پیشرفت وشدت واکنش بستگی به غلظت ماده اکسید کننده و نوع غشا دارد. اغلب سازندگان غشا در مورد غشا CA تا غلظت 1ppm کلر آزاد در آب خوراک را مجاز می داند. با مشورت با سازندگان و برای زمان کوتاه امکان کارکرد نرمال سیستم غشایی از جنس CA و غلظت بالاتر از 1ppm کلر آزاد وجود دارد.
همچنین مسایلی نظیر اشکال در پمپ تزریق، بروز پدیده سیفون و سایر مسایلی که در مباحث قبل بیان شد، می توان غشا را در معرض غلظت بیش از حد ماده بایوساید قرار دهد در مقایسه با غشا CA، غشا PA نسبت به مواد اکسید کننده بسیار حساس می باشد. معمولا سازندگان غشا PA، بی سولفیت سدیم یا سایر مواد احیا کننده را برای تزریق پیوسته به منظور تجزیه کلر آزاد توصیه می نمایند.
گاهی اوقات نیز به کمک بسترهای کربن فعال در بالاست سیستم RO کلر را حذف می نماید. متاسفانه بسترهای کربن فعال تنها تا فاصله چند اینچ از بالای بستر قدرت جذب کلر دارا هستند. این وضعیت باعث می شود تا تنها لایه های بالایی بستر کربن فعال دارای بایوساید باشد و لایه های زیرین بستر محیط بسیار مناسبی برای تغذیه و رشد باکتری ها می گردد. این باکتری ها بعدا همراه آب خوراک سیستم وارد می شود. همچنین ذرات بسیار ریز کربن فعال به مرور زمان وارد سیستم RO شده و عامل فولینگ کربنی سیستم RO می شود. همچنین نباید تزریق مواد اکسید کننده نظیر کلر آزاد، هیپوکلریت سدیم یا ید به محصول سیستم RO بلافاصله بعد از خروج محصول از RO باشد. زیرا در زمان از سرویس خارج نمودن سیستم، مواد تزریقی برگشت نموده و باعث تخریب غشاهای PA می گردد.
بنابراین اگر نیاز به تزریق مواد اکسید کننده به جریان محصول در پایین دست RO باشد، باید آن را در محلی تزریق نمود که در زمان از سرویس خارج شدن RO، مواد اکسید کننده به داخل سیستم RO برنگردد. معمولا نصب شیر یکطرفه در این مورد چندان موثر نیست. زیرا مقادیر کم مواد شیمیایی نفوذ خواهد کرد. بهترین حالت انتقال محصول RO به تانک ذخیره سازی و تزریق مواد شیمیایی با مسیر جداگانه به تانک ذخیره سازی می باشد.