برای بهره برداری مناسب و کارکرد استاندارد سیستم های RO نیاز به یک برنامه منظم تعمیر و نگهداری می باشد.
اختلاف فشار خوراک تا جریان غلیظ یک شاخص برای مقاومت هیدرولیک در مقابل جریان آب عبوری از سیستم می باشد و به میزان زیادی بستگی به نرخ جریان های عبوری از مسیرهای موجود در المنت ها بین لایه های غشا دارد. یک افزایش در نرخ جریان های محصول، غلیظ یا خوراک از علل افزایش اختلاف فشار دو سر سیستم باشد.
اگر فشار خوراک تغییر کند، الزاما به معنای تغییر در اختلاف فشار دو سر سیستم نخواهد بود. به شرط آنکه در سیستم فولینگ یا ترسیب رخ نداده باشد و نرخ جریان های محصول و غلیظ مقدار کمتری از مقادیر اولیه خود نباشد. اصولا ثابت بودن مقادیر نرخ جریان های محصول و غلیظ پیشنهاد می شود تا اندک افزایش در اختلاف فشار دو سر سیستم یا گرفتگی یا فشردگی لایه های المنت به وضوح روشن باشد.
افزایش اختلاف فشار دو سر سیستم در حالی که نرخ جریان ها ثابت است، معمولا به خاطر عواملی نظیر ورود نخاله به سیستم و انسداد فیزیکی کنال های عبور جریان بین لایه های غشا و فولینگ یا ترسیب در مسیر عبور جریان در المنت می باشد. در سیستم های با غشا حلزونی گرفتگی و ترسیب روی صفحات توری بین لایه های غشا و در سیستم های با آرایش غشا الیاف توخالی این حالت بین الیاف غشا رخ می دهد. اکثر اوقات علت افزایش اختلاف فشار بروز پدیده نرمال فولینگ در سیستم می باشد و با یک شستشوی شیمیایی مناسب شرایط مطلوب اولیه به دست می آید.
معمولا هر سیستم RO بر طبق دستورالعمل سازندگان آن شستشو داده می شود. اگر چنین اطلاعاتی در دسترس نباشد، افزایش اختلاف فشار دو سر سیستم برابر 15 درصد نسبت به شرایط اولیه مبنای مناسبی برای آغاز شستشوی شیمیایی سیستم می باشد. اگر محلول های شستشوی مورد استفاده جواب مناسب نداد، باید با سازندگان المنت ها برای رسیدن به شرایط استاندارد سیستم مشورت نمود.
اگر اختلاف فشار با شستشو با محلول های مناسب به شرایط اولیه بازنگردد. علت عاملی مکانیکی نظیر جمع شدن ذرات و نخاله ها در المنت های اولیه سیستم می باشد. در برخی موارد نیز نمک های مشخصی رسوبات بسیار سختی در مسیر جریان تشکیل می دهد. معمولا این حالت را با کنترل پی تصفیه آب خوراک RO یا کاهش بازیافت جریان محصول RO مهار می نمایند.
به هر حال گاهی اوقات ترکیبات آب خوراک ( TDS و مواد معلق موجود ) به قدری تغییر می نماید که نیاز به انجام تصحیحاتی در سیستم پیش تصفیه و بهره برداری الزامی می شود. راه حل مناسب برای جلوگیری از آسیب غشا المنت های اولیه مدول با ذرات و نخاله ها استفاده از فیلتر کارتریج با کیفیت بالا می باشد. اما در مورد تشکیل رسوبات بسیار سخت، راه جلوگیری بسیار سخت و در مواردی غیر ممکن می باشد. بعضی وقت ها باید برای جلوگیری از ترسیب یک نمک غلظت آن را در سیستم RO کاهش داد. این کار با کاهش بازیافت صورت می گیرد. یا اینکه مقدار بیشتری از ماده بازدارنده ترسیب به تزریق می گردد. همچنین مواردی نظیر تنظیم دقیق pH تعویض تزریق اسید سولفوریک با اسید کلریدریک ( به منظور کاهش یون سولفات ) برای جلوگیری از تشکیل رسوبات موثر است.
احتمال تشکیل رسوب در زمان خارج از سرویس بودن سیستم نیز وجود دارد. لذا باید پس از خارج کردن واحد از سرویس آن را با آب محصول در فشار پایین شستشو داد. ضمنا در برخی موارد به کارگیری توام همه نکات فوق الذکر الزامی است. تشخیص محلی که در مدول ها مسدود شده است بسیار مهم می باشد. مشکل می تواند در المنت ابتدایی و المنت انتهایی، یک المنت میانی یا به طور یکنواخت کلیه المنت های یک مدول باشد.