مدول های RO با توجه به موارد کاربرد مختلف، آرایش های مختلفی را می پذیرند. ساده ترین شکل آن استفاده از مدول منفرد است.
با افزایش ظرفیت سیستم، واحدهای اضافی، می توانند به صورت موازی اضافه شوند. در این حالت میزان کارایی سیستم از نظر کیفیت آب تولیدی و نسبت بازیافت در اصل با سیستمی که واحد منفرد دارد، برابر است.
به منظور دستیابی به نسبت بازیافت بالاتر یا آب تولیدی با کیفیت بهتر،سیستم می تواند به گونه ای مرتب شود که پساب غلیظ شده یا تولیدی از یک مرحله، به عنوان آب تغذیه کننده برای مرحله بعدی باشد.
به منظور دستیابی به نسبت بازیافت بالاتر و آب تولیدی با کیفیت بهتر سیستم باید به گونه ای مرتب شود که با استفاده از مراحل تولید پساب غلیظ شده ( شوراب ) ضریب بازیافت را افزایش داد که در این حالت پساب غلیظ شده حاصل از مرحله اول، به عنوان آب تغذیه کننده مرحله دوم استفاده می شود. این ترتیب قرار گیری آرایش 1-2 نامیده می شود. سایر حالت ها ( آرایش ها ) برای دستیابی به عملکردی خاص یا برای هدفی خاص می تواند استفاده شود.
در بعضی موارد مشابه به وجود آب تولیدی با درجه خلوص بالاتری نسبت به آنچه که از یک مدول RO به دست می آید، نیاز است. در این موارد، تولید مرحله ای یا عبور دوگانه که در آن آب به دست آمده از مرحله اول با پمپ فشار قوی دومی وارد مدول مرحله دوم می گردد، به کار گرفته می شود.
یک مهندس طراح سیستم های تصفیه آب، پس از شناسایی منبع آب برای سیستم، باید مشخصات غشاها و نیز مسائل اقتصادی را به منظور بهینه سازی سیستم، به دقت ارزیابی کند.