مانند هر سیستمی که در محیط آب دریا کار می کند، موضوع خوردگی باید به عنوان یکی از مسایل مهم بهره برداری مورد توجه قرار گیرد. دمای بالا که از خصوصیات سیستم های تقطیر می باشد، میزان خوردگی را به مقدار زیادی افزایش می دهد. بنابراین لازم است که برای ساختمان واحدهای جداگانه سیستم و با توجه به عمر سرویس دهی آنها، انتخاب مواد مناسب صورت گیرد.
در ظروف بزرگ تقطیر، به علت تغییر شرایط عملیات در طی فرایند، رفتار خوردگی به طور ویژه ای پیچیده است. در سطوح مختلف یک ظرف تقطیر، شکل های مختلف خوردگی مشاهده می شود. خوردگی کلی، خوردگی موضعی ( خوردگی به صورت سوراخ یا ترک )، خوردگی در اثر فرسایش و خوردگی در اثر جریان الکتریسیته، همگی از موادی هستند که بررسی آنها ضروری است.
انتخاب مواد مناسب به این موضوع بستگی دارد که این مواد در منطقه مستغرق در آب، در منطقه تبخیر ناگهانی، فضای تبخیر، یا قسمت میعان واقع شده اند. ظروف MED معمولا از آلیاژهای فولاد ضد زنگ با درجه سختی بالا و یا به صورت دولایه ساخته شده اند. در صورتی که تمام سطوحی که در معرض آب دریا یا پساب شور قرار می گیرند با آلیاژ با درجه سختی بالا پوشانده شدند، ظروف MSF را می توان از فولاد کربنی ساخت.
موادی که برای سطوح انتقال گرمای بالا انتخاب می شوند، باید رسانای بسیار خوبی باشند، به علاوه اینکه باید در برابر خوردگی یا فرسایش مقاوم باشند. موادی که معمولا استفاده می شوند، شامل تیتانیوم آلیاژهای مس و نیکل و در مصرف محدودتر، شامل آلیاژ برنج و آلومینیوم و یا سایر آلیاژهای آلومینیوم می باشند. علاوه بر ملاحظات اقتصادی در انتخاب مواد و مصالح بایستی دمای سیستم، سرعت حرکت آب و احتمال رسوب گذاری در سیستم را نیز در نظر گرفت. در سیستم حرارتی امکان استفاده از مواد مختلف در قسمت های مختلف برای در نظر گرفتن شرایط مختلف بهره برداری و نگهداری، وجود دارد.
انتخاب مواد مناسب به منظور به حداقل رساندن خوردگی گالوانیکی به ملاحظات دقیقی نیاز دارد. خوردگی گالوانیکی زمانی رخ می دهد که دو فلز متفاوت در محیط آبی با یکدیگر در تماسند. در یکی از دو فلز که همان قطب مثبت است، خوردگی بیشتری نسبت به فلز دیگر یا همان قطب منفی، صورت می گیرد.
مواد ضد خوردگی و مواد غیر فلزی مانند لوله های پلیمری و همچنین هزینه کمتر آنها، موجب شده است تا به عنوان انتخابی مناسب برای انتقال آب شور ( دریا ) و یا آب تولید شده، در دماهای پایین، مطرح شوند. در دماهای بالاتر پساب غلیظ شده و آب تولیدی، آلیاژهای مس و نیکل و یا فولاد ضد زنگ مناسب می باشند.
جنس موادی که پمپ از آنها ساخته می شود باید به گونه ای باشد که آسیب پذیری پمپ را در برابر فرسایش خوردگی، ساییدگی و پوسیدگی کاهش دهد. فاکتورهای دیگری که در انتخاب مصالح پمپ باید مورد توجه قرار گیرند عبارتند از: احتمال باقی ماندن آب در پمپ، امکان تعمیرات و جوش کاری در محل و مقاومت در برابر سرعت بالا. آلیاژهای آلومینیوم و برنز، نیکل آلومینیوم و برنز، فولاد سخت شده، فولاد ضد زنگ مضاعف، چدن و سایر آلیاژهای ویژه در ساختمان پمپ استفاده شده اند.
آب شور دریا و پساب شور موجب خوردگی می شوند، اما آب خالص که از فرایند آب شیرین کن تولید شده است، نیز می تواند لوله ها را تخریب کند. به منظور اطمینان از عملکرد طولانی سیستم با حداقل نیاز به تعمیرات، باید در تمامی قسمت های سیستم آب شیرین کن از مواد و مصالح مناسب استفاده شود.