قانون EPA در مورد تصفیه آب های سطحی مستلزم حذف یا گندزدایی 99.9 درصد کیست های زیاردیالامبلیا، غیرفعال سازی 99 درصد کریپتوسپوریدیوم و حذف یا غیرفعال سازی حداقل 99.9 درصد ویروس های داخلی است. آب های سطحی، آب های روبازی هستند که بارش های سطحی و آب های زیرزمینی را دریافت کرده و مستعد آلودگی به ژیاردیالامبلیا می باشند. آب های زیرزمینی تحت تاثیر مستقیم آب های سطحی به واسطه وجود خرده ارگانیسم ها، جلبک ها یا پاتوژن های درشت، تغییرات چشمگیر در کدورت، دما و pH که به شرایط موجود در آب های سطحی مجاور مرتبط است محدود می گردد.
طبق این قانون در تصفیه آب باید انعقاد شیمیایی و صاف سازی با پوشش دانه ای و سپس گندزدایی صورت گیرد. در سیستم های صاف سازی سنتی و مستقیم که 10 هزار نفر یا بیشتر را تحت پوشش قرار می دهند، باید آب صاف شده خروجی از هر صافی را مدام پایش کرد تا کارایی ضعیف را تشخیص و عمل اصلاحی را انجام داد. یک اقدام برای بهبود موقتی تصفیه آب های سطحی این است که مشخص شود کدام صافی در دو اندازه گیری پی در پی با فاصله 15 دقیقه بیشتر از 0.5، 1 و 2 NTU کدورت دارد. این کدورت حداقل در 95 درصد موارد اندازه گیری شده در ماه باید کمتر یا مساوی با 0.3 NTU باشد. در سیستم هایی که جمعیت کمتر از 10 هزار نفر را تحت پوشش قرار می دهند، کدورت پس آب صافی ترکیبی باید حداقل هر چهار ساعت اندازه گیری شود و در 95 درصد نمونه ها باید کمتر یا مساوی 0.5 NTU باشد.
کلر باقی مانده آزاد و ترکیبی در آب وارده به سیستم توزیع در بیش از 4 ساعت نباید کمتر از 0.2 میلیگرم بر لیتر باشد و کلر باقی مانده در شبکه لوله کشی توزیع باید در حداقل 95 درصد نمونه های آزمایش شده در هر ماه قابل تشخیص باشد. در موارد غیر قابل تشخیص، تعداد باکتری های دگرپرور را که مساوی یا کمتر از 500 مورد در هر میلی لیتر باشد، می توان معادل کلر باقی مانده قابل تشخیص درنظر گرفت.
هدف اصلی قوانین EPA صاف سازی آب های سطحی می باشد که تنها در یک چرخه غیر معمول سیستم آب رسانی صاف سازی نمی شود. با این وجود، مجوز استفاده از آب های صاف نشده به سختی داده می شود. گندزدایی مستلزم غیرفعالسازی 99.9 درصد ژیاردیا، 99 درصد کریپتوسپوریدیوم و 99.99 درصد ویروس ها است. در حداقل 90 درصد نمونه ها، غلظت کلی فرم های مدفوعی آب منبع نباید بیشتر از 20 عدد در هر 100 میلی لیتر و غلظت کل کلی فرم ها 100 عدد در هر 100 میلی لیتر باشد. در شرایط غیرمترقبه و پیش بینی نشده کدورت نباید از 5 NTU عبور کند و بیشتر از دو بار در سال روی دهد. برنامه پایش و کنترل کیفی آب برای حداقل رساندن آلودگی ناشی از پاتوژن ها و بازدید سالیانه از محل لازم است. بیماری های منتقله از آب نباید شیوع پیدا کنند.
برای گندزدایی آب های زیرزمینی ابتدا با مواد شیمیایی، آهن و منگنز را حذف و سپس صاف سازی می کنند. این فرایندها قابلیت غیر فعال کردن ویروس ها را دارند. پس از آن کلرزنی، گندزدایی را افزایش داده و در سیستم توزیع کلر باقی ماده برجای می گذارد. در صورت عدم نیاز به تصفیه شیمیایی و صاف سازی، ممکن است آب زیرزمینی بدون گندزدایی وارد سیستم توزیع شود که به خوبی نگهداری شده و در مقابل آلودگی مدفوعی محافظت می شود. گندزدایی طبیعی آب های زیرزمینی توسط خاک های سطح و جریان کند و آرام سفره صورت می گیرد. صاف سازی در منطقه غیر اشباع، پاتوژن های درشت از قبیل کیست های ژیاردیا و آئوسیت های کریپتوسپوریدیوم را حذف می کند. حذف ویروس ها با مدتی غیرفعال کردن و جذب روی دانه های خاک صورت می پذیرد. حذف باکتری ها توسط هر دو فرایند صورت می گیرد. نگرانی اولیه در مورد ویروس های داخلی به دلیل نداشتن اندازه زیرمیکروسکوپی می باشد. آزمایش بررسی وجود ویروس های پاتوژنی در غلظت کم و تشخیص گونه های آن مراحل پیچیده و مشکلی دارد. علاوه بر این، هیچ ماده یا ارگانیسم زیستی شاخص درباره تایید یا انکار حتمی وجود ویروس های داخلی تشخیص داده نشده است.
معیار ارزیابی مناسب بودن گندزدایی طبیعی شامل فاصله عقب نشینی خصوصیات آب شناسی، مدت زمان حرکت ذره در آب های زیرزمینی و مدت زمان حرکت ویروس می باشد. دو معیار اول ساده است. فاصله عقب نشینی عبارت است از فاصله افقی مابین چاه تا نزدیک ترین منبع بالقوه آلودگی ویروسی مانند فاضلاب روهای بهداشتی، میدان زهکشی تانک سپتیک یا دفن بهداشتی. عیب عمده کلرزنی آب های زیرزمینی غیرآلوده وارد به سیستم توزیع، ایجاد تداخل عمل با آزمون کلی فرم است، زیرا از کلی فرم ها به عنوان شاخص آلودگی میکروبی در سیستم استفاده می شود. اگر آب کلرزنی نشود، وجود کلی فرم ها هشداری درباره احتمال آلودگی ناشی از جریان معکوس است. اگر در شبکه کلر باقی مانده وجود داشته باشد، کلی فرم ها غیر فعال شده و شاخص حضور ویروس ها و کیست های تک یاخته مقاوم تر نخواهد بود.